Ещё одним важным понятием темы является понятие о «чистых линиях». Это группы организмов, характеризующиеся гомозиготностью по ряду важных (необходимых) для экспериментатора свойств, которые проявляются, прежде всего, в виде морфологических особенностей (напр., у злаковых – длина стебля, масса и число семян в колосе, устойчивость к полеганию и др.). Яркими примерами таких групп являются представители любого сорта, любой породы или штамма. Использование только таких групп организмов позволяет методически правильно исследовать ту или иную научно-практическую проблему и получать воспроизводимые (т.е. одни и те же) результаты разными исследователями в разных лабораториях.

К «чистым линиям» можно отнести и линии-анализаторы, т.е. группы организмов, характеризующиеся определённой генетической структурой (генотипом), благодаря чему они являются фактически инструментами для исследования организмов (того же вида) с нарушенным или неизвестным генотипом.

В учебной литературе также встречается понятие «предмутационные изменения». Фактически они представляют собой те же мутации, но существующие ограниченное время, в течение которого системы репарации ДНК восстанавливают её исходную первичную структуру. Они «могут перейти в истинные мутации», т.е. остаться таковыми, если репарирующие ферменты не успевают за отведённое в данных условиях время проделать свою работу. При этом более быстрое изменение внешних условий (напр., резкое повышение температуры) может нарушить работу таких ферментов, они не успевают выполнить свою работу с должной эффективностью, и поэтому число мутаций в организме – возрастает.

Мутационный процесс приводит к тому, что многие признаки в популяции существуют в виде не двух аллелей (рецессивного и доминантного), а целого их ряда. Ярким примером является окраска шерсти у животных – серая, белая, чёрная, коричневая, пегая и пр. Т.е. признаки образуют целый ряд множественных аллелей, которые ведут себя по отношению друг к другу как рецессивные или доминантные.