Поскольку изменение уклада школы невозможно без глубинных подвижек в педагогическом сознании, то на первом этапе с директорами и учителями на курсах обсуждаются мировоззренческие вопросы, типичные проблемы малочисленных сельских школ, выясняются порождающие их причины и необходимые действия по их устранению. В режиме «проживания» осваивается технология организации учебных занятий в разновозрастном коллективе. Кроме того, формируются представления о содержании необходимых изменений: моделируется будущее идеальное состояние школы, и программируются первоочередные действия по переходу к разновозрастному обучению.

Ведущим субъектом преобразований является директор школы. Важно, чтобы он понимал, что преобразования затрагивают образовательное учреждение в целом, поэтому такие изменения невозможно осуществить силами индивидуального субъекта. Только коллективный субъект может соответствовать такому масштабу преобразований. Необходимо, чтобы директор (руководитель) видел собственную роль, других субъектов как обстоятельства и предмет приложения своих усилий. Для позиционирования себя в таком качестве ему нужно научиться использовать для организации своей деятельности техники формирования коллективных субъектов, методологические положения о программно-целевой обусловленности социальных явлений. (СНОСКА: Мкртчян М.А. Естественное и искусственное в социальных процессах // Материалы организационно-деятельностных игр директоров малокомплектных и малочисленных сельских школ: 2001-2002 годы. Красноярск, 2003. С. 132-147, 150-157. Режим доступа: http://www.kco-kras.ru/literatura/odi)

На этом этапе в школах должны произойти следующие изменения: отказ от фронтальной работы как основного вида взаимодействия учителя с классом, предоставление возможности каждому ученику осваивать учебный материал своим темпом и способом в рамках своего класса, получение опыта разных взаимодействий в парах.

На втором этапе работа идёт с командами школ: корректируются представления о модели их образовательного учреждения, осуществляется разработка и реализация конкретных вариантов учебных занятий в разновозрастных коллективах. Реализуются стажировки-запуски на базе отдельных школ, куда выезжают специалисты ИПК для организации деятельности учительской кооперации (СНОСКА: Клепец Г.В. Об учительской кооперации // Коллективный способ обучения : научно-методический журнал. 2003. № 7. С. 44-51. Режим доступа в интернете: www.kco-kras.ru/literatura/magazine), совместного проектирования, анализа и перепроектирования занятий.