Организация занятий на третьей фазе предполагает разброс учебного материала в рамках года. Собственно, коллективные занятия и начинаются с фазы не ниже третьей. Здесь уже так или иначе представлены все основные признаки (разброс тем и учебных заданий, движение своим темпом, взаимодействие всех со всеми, особый тип кооперации: сводность, сотрудничество и взаимопомощь как важнейшее средство работы, коллективный характер труда при реализации индивидуальных учебных целей, элементы самоуправления, включенность всех и каждого в управление, организацию и обеспечение учебного процесса и т.д.). Организация занятий требует работы учителя по всем пяти компонентам содержания обучения. И малоэффективна, если учитель работает один. Практически невозможно организовать такую работу, не меняя расписания занятий. Итак, важным признаком третьей фазы является организация учебной работы через погружение в предмет (например, два погружения в год по два часа ежедневно при общем количестве часов на предмет — 68) и ведение коллективных занятий по всем предметам в данном классе.

Четвертая фаза коллективных занятий требует выделения специальной разновозрастной группы детей, особой кооперации учителей и изменения их функционала на занятии, реструктурирования учебного материала в рамках всей ступени (I, II, III) и в данный момент только отрабатывается на экспериментальных площадках края и страны.

О чем говорят принципы организации обучения? Прежде всего о том, ради чего была создана концепция коллективных учебных занятий. Речь идет о такой организации учебного процесса, посредством которой можно было бы решить задачу индивидуального подхода в условиях массового обучения. Итак, коллективные занятия не ради взаимодействия детей, а взаимодействие детей ради выявления и реализации их индивидуальных возможностей и потребностей, обеспечения возможности для учителя работать индивидуально с каждым. Первый принцип организации обучения — принцип индивидуализации образовательных программ, темпа освоения материала, путей прохождения программы (маршрутов). Это возможно, когда дети вступают в различные взаимодействия с разными участниками учебного процесса — младшими, одногодками, старшими. Взаимодействие всех со всеми — второй принцип. Реализация этих двух принципов позволяет сформулировать важное правило организации коллективных занятий: каждый ребенок — цель, и каждый ребенок — средство.