Несколько большую ясность в этот вопрос может вносить понятие "организация", также связанное с понятием упорядоченности. Как отмечают И.В.Блауберг, В.Н.Садовский, Э.Г.Юдин, "под структурой обычно понимается инвариантный аспект системы, а понятие организации наряду с количественной характеристикой упорядоченности выражает также направленность этой упорядоченности" (49, 35).

Размышления о неоднородности и неравноценности связей в системе, о полиструктурности системы, о соотношении структуры и организации выводили на необходимость решения вопроса о системообразующих факторах (связях), которые обеспечивают свойство целостности системы. При этом, как отмечал П.К.Анохин, поиск и формулировка системообразующего фактора является обязательным положением для направлений системного подхода (15, 59). Добавим от себя, что в зависимости от того, какого направления в системном подходе придерживался исследователь, существенно различалось понимание системообразующего фактора. Так, представители онтологического направления понимают под ним "все явления, вещи, связи и отношения, которые приводят к образованию системы" (5, 49); сторонники гносеологического –– фактор, относительно которого объект описывается как система (И.В.Блауберг, Э.А.Орлова, В.Н.Садовский, Э.Г.Юдин); разработчики методологического - фактор, объясняющий системообразование, структуру и функции какого-либо объекта, рассматриваемого как система (П.К.Анохин, Л.А.Петрушенко Ю.И.Черняк и др.); исследователи, стоящие на праксеологических позициях – фактор, необходимый и достаточный для создания (возникновения) и существования системного объекта (С.В.Емельянов, Э.Л.Наппельбаум, В.Н.Сагатовский). Чаще всего в качестве системообразующего фактора исследователи выделяли цель, структуру управления, основную функцию, главное противоречие системы.

Гносеологическое направление системных исследований, таким образом, имело значительно больший эвристический потенциал, поскольку позволяло выстраивать достаточно продуктивную познавательную программу. Гносеологические установки не позволяли останавливаться на констатации системности объекта, а требовали выяснения природы его целостности, давая соответствующие познавательные ориентиры для системной интерпретации объекта: связи, структура, организация, функции, системообразующие факторы и др.