В то же время и онтологическое, и гносеологическое направления разработка философских аспектов системных исследований задавали лишь наиболее общие основания системной ориентации: продолжая традиции целостного восприятия мира (онтологическое) или подчеркивая наличие специальной исследовательской позиции как принципиальное отличие новой познавательной ориентации (гносеологическое). Более четкие формальные нормы и логика системного исследования на основе конкретизации сущности системного подхода формулировались уже на другом уровне системного движения, в рамках методологического направления.

Если онтологическое направление соотносится с выделением объекта познания, гносеологическое – с актом выделения предмета познания и его представлением в виде системы, то методологическое направление системного подхода обращается к очередному эпистемологическому уровню, на котором совершается построение программы исследования этого предмета как системы, то есть определенных исследовательских шагов по реализации системного подхода к предмету познания.

Именно на этом уровне, в рамках методологического направления системного подхода четко артикулировалось отличие системного подхода и от исторически предшествующих форм системных интуиций, и от современных ему подходов.

При анализе представлений о системном подходе как методологической программе приходится констатировать, что и в этом вопросе не существовало единодушия. Нам удалось выделить, по крайней мере, три позиции в характеристиках сущности системного подхода, каждая из которых предлагала собственную программу системного исследования.

Первая позиция была связана с требованиями описания объекта как целостности (А.Н.Аверьянов, В.А.Балханов, И.В.Блауберг, В.Н.Садовский, А.С.Фреш, Э.Г.Юдин и др.). При этом системный подход представлялся как осознанная методологическая позиция исследователя, "основанная на рассмотрении объектов изучения в виде систем, то есть совокупности элементов, связанных взаимодействием, и, в силу этого, выступающих как единое целое по отношению к окружающей среде" (45, 7).