В рамках гносеологического направления системных исследований разрабатывались и другие понятия системного подхода, выражающие общие познавательные установки системной ориентации: связь, структура, системообразующие факторы и другие.

Одной из основных характеристик системы признавалась ее целостность, что относилось не столько к самой системе, сколько к способу ее исследования как внутренне активного целого, не сводимого к своим элементам и противопоставленного своему окружению. При характеристике целостности акцент делался уже не на составе системы, ибо различные системы могли состоять из одинаковых элементов, и отличия их порождались иными связями и отношениями между составляющими, тем, какой своей частью и стороной элементы включались во взаимодействие. Поэтому наибольшая смысловая нагрузка в системных исследованиях приходилась на понятие "связь" – состояние взаимообусловленности элементов и подсистем в системе. Обнаружились различные виды связей в системах: взаимодействия, порождения (генетические), преобразования, строения, функционирования, развития, управления (49, 41-47).

При этом исследователя, стоящего на позициях системного подхода, интересовали не связи как таковые, а их совокупность и внутренняя упорядоченность - структура. Было обнаружено, что характер функционирования системы напрямую определяется ее структурой, что давало возможность описывать системы и их развитие через характеристику взаимосвязей структуры и функций.

Решая проблему упорядочения связей в структуре системы, исследователи раскрывали феномен полиструктурности системы: каждая группа связей порождает свою структуру. Первым шагом в этом направлении было утверждение И.В.Блауберга, В.Н.Садовского и Э.Г.Юдина о том, что структура может рассматриваться, по крайней мере, как "по горизонтали", так и "по вертикали" (50, 22).

Феномен полиструктурности порождался тем, что один элемент, различными своими частями и сторонами взаимодействуя с другими элементами, мог участвовать в различных структурах одной системы. Если согласиться со словами А.Н.Аверьянова о том, что "структура – итог движения элементов системы, итог их упорядочения" (5, 71), то можно утверждать, что уровень упорядоченности различных структур одной и той же системы может быть различным. Это соображение открывает новый поворот в развитии представлений о целостности системы как ее атрибутивной характеристики: тогда система может быть "более целостна" или "менее целостна" с точки зрения различных своих структур.