В наше время представители гносеологического направления не менее категоричны. Так, Э.А.Орлова убеждена, что "само по себе понятие "система" является чисто формальным и не имеет эмпирического содержания. Применение этого концепта к определенному предмету означает его интерпретацию. Вопрос только в том, какой должна быть природа интерпретации" (251, 43). Таким образом, принципиальное отличие онтологического и гносеологического взглядов на систему заключается в том, что в первом случае формальные особенности мышления напрямую переносятся на рассматриваемый объект, а во втором акцент делается на собственной исследовательской ориентации субъекта, на его "желании увидеть" некоторую совокупность отношений в рассматриваемом объекте (150, 37), на том усилии, которое надо совершить, чтобы увидеть объект как систему.

Нам представляется очень важной в эвристическом смысле роль гносеологических установок системного подхода на признание за понятием "система" лишь теоретического содержания. Удержание исследователем такой гносеологической позиции при изучении объекта как системы являлось бы гарантией того, что ему удастся если не избежать упрощения при представлении объекта в качестве системы, то хотя бы отдавать себе отчет в том, что полученное изображение объекта - лишь его принципиальная схема, значительно редуцирующая его сущность; схема, играющая роль первого познавательного инструмента.

Еще одним важным выводом из гносеологических установок системных исследований было представление об относительности систем (А.Н.Аверьянов, И.В.Блауберг, В.Н.Садовский, Э.Г.Юдин, Л.А.Петрушенко и др.). Действительно, если "система" – это характеристика познавательного отношения к объекту, способа познавательной интерпретации объекта, то в зависимости от задач исследования "один объект может быть исследован и как системный, и как несистемный" (50, 25).

Вслед за относительностью системности приходилось признать множественность систем в одном объекте, то есть полисистемность. Как писал Л.А.Петрушенко, "вещь представляет собой бесконечное, неисчерпаемое множество систем, но она не состоит из системы или систем, так же как система или системы не содержатся в вещи" (255, 17). Именно идея полисистемности должна была лечь в основу интеграционных процессов в науке. В этой связи И.В.Блауберг и Б.Г.Юдин писали: "На сложный объект не может быть "наложено" какое-либо единственное представление о целом, исключающее все другие представления. Исследуя такой объект, мы имеем дело не с одним целым или одним уровнем целостности, а с различными "срезами" с этого объекта, каждый из которых представляет определенную картину. Степень совмещения всех таких отдельных изображений зависит от уровня научных знаний и методологической оснащенности науки" (51, 140).