Гносеологическое направление в философии системного подхода обращалось к следующему эпистемологическому уровню, связанному с актом выделения предмета познания и его представлением в виде системы.

Анализируя развитие гносеологического направления в разработке философских аспектов системного подхода, мы вынуждены разойтись во мнении с исследователями эволюции понятия "система" Е.Б.Агошковой и Б.В.Ахлибинским.

Дело в том, что в их представлении гносеологическая линия в разработке понимания системы связывается с двумя позициями: с трактовкой системности самого знания и с разработкой понятий "закон" и "закономерность" как ядра научного знания. Развитие данного направления было связано, по мнению авторов, с интуитивным использованием понятия "система", разработкой смыслов этого понятия и ряда его важнейших признаков без разработки самого понятия "система". Как интуитивистское, данное направление исчерпало себя в связи с развитием саморефлексии системных концепций науки к середине ХХ века. А далее в разработке понятия "система", по мнению авторов, наметилось методологическое направление, которое органично включало в себя весь спектр онтологических, гносеологических и методологических аспектов (6, 172-176).

Нам же представляется, что наряду с проблемой системности знания и закона как ядра научного знания существовала еще и третья ветвь гносеологической линии – разработка идей системности познания, истоки которой тоже были в древнегреческой философии и науке, но которая своим предметом имела не систему знаний как результат познавательного процесса, а системные позиции самого познания как процесса и деятельности. Именно эта ветвь развивалась с середины ХХ века в системном движении наиболее активно.

Наиболее ярко данные позиции представлены в работе Л.А.Петрушенко, характеризовавшего систему как гносеологическую модель некоторых существенных свойств явлений действительности (255). Вскрывая объективное содержание понятия "система", Леонид Аврамиевич приходит к выводу, что систем как таковых не существует: "система, будучи идеализацией, отвлечением от действительности, принципиально не может быть вычленена или выделена из вещи каким-либо другим путем, кроме мысленного абстрагирования" (255, 17). Автор подчеркивает инструментальный характер понятия "система", указывая, что оно представляет собой "сложный, рефлексивный сплав реального и условного, играющий роль "вспомогательной реальности" как инструмента познания "основной реальности" (255, 17).