Таким образом, в 60-е годы в Советском Союзе существовало несколько научных сообществ, так или иначе разрабатывавших проблему системности и осваивавших системный подход. Одним из главных вопросов, решение которого могло определить дальнейшую судьбу системного подхода в советской философии и науке, для этих групп был вопрос о соотношении системного подхода и марксизма.

Именно этот вопрос пришлось прежде всего решать уже после институализации системного движения в организованном в конце 60-х в Институте истории естествознания и техники АН СССР секторе системного исследования науки. Вопрос этот был не столько научного, сколько политического характера, но в политизированном советском обществе от его решения зависела легитимизация системного подхода.

В одной из первых публикаций по системной проблематике сектора системного исследования науки И.В.Блаубергом, В.Н.Садовским и Э.Г.Юдиным для определения научного статуса системного подхода была предпринята попытка разделить всю сферу системных исследований на ряд областей со специфическими задачами:

§   формирование специфической системной картины мира и общей системной теории - область на стыке общенаучных и философских разработок;

§   разработка логики и методологии системного исследования - область метанаучной дисциплины;

§   осуществление специально-научных системных разработок - область конкретных наук;

§   построение общей теории систем, смысл которой не в универсальности, а в том, что она является «метатеорией» - некоторой обобщенной концепцией теории систем применительно к определенным классам задач (абстрактно-математических, биологических, технических, социальных) (49, 28-31).

Слова «метанаучная», «метатеория», «специфическая системная картина мира» послужили основанием для резкой критики системного подхода и обвинения его «носителей» в противопоставлении системного подхода методологии диалектического материализма, в подмене диалектики системным методом, в отходе от диалектически-материалистических методов исследования в уходе от идеологической борьбы против буржуазной идеологии и ревизионизма, ошибочной оценке немарксистских авторов прошлого и настоящего, в пересказе теорий Берталанфи и Богданова вместо научного поиска. Эти и другие подобные обвинения содержались в «Справке о ежегоднике «Системные исследования» (цит. по 390, 119-120), которая была составлена для обсуждения в секторе философии ЦК КПСС летом 1975 года.