В этот же период появилось множество философских работ, посвященных развитию марксистского принципа целостности (Абрамова Н.Т., Афанасьев В.Г., Блауберг И.В, Вальт Л.О., Кедров М.Б., Мамзин А.С., Свидерский В.И. и др.), в которых обсуждались соотношения «части» и «целого», «организации», «структуры» и «системы», факторы целостности и др. (2; 22; 48; 66; 152; 221; 296) . Эти работы, по сути, развивались в рамках системности как той стадии развития, которая предшествует системному подходу, согласно схеме М.С.Кагана, поскольку в них рассматривался, главным образом, онтологический смысл понятия «система», не шла еще речь о новой методологической программе исследования. В то же время эта группа работ готовила базу для последующего развития системного подхода, поскольку закладывала некоторые предпосылки для формирования новой познавательной ориентации исследователей: понятию «система» стал придаваться некоторый гносеологический оттенок, поскольку его стали использовать для уточнения понятия «целое»; при характеристике системы предлагалось делать акцент на характере и степени упорядоченности, организованности и целостности объекта, типе взаимосвязи и взаимодействия составляющих элементов, на его динамической и статической структуре.

В 60-е годы в Москве существовала группа философов, лидерами которой были М.Антонов и С. Фетисов, шумно пропагандировавшие системный подход как магическое средство, дающее возможность построить коммунизм к 1980 году (390, 111). Главным «научным» достижением этой группы была критика Щедровицкого Г.П. и его сторонников за отступление от марксизма.

Г.П. Щедровицкий в 60-е годы руководил полуофициальным семинаром («Московский методологический кружок») в НИИ общей и педагогической психологии, в работе которого принимали участие в разное время И.С.Алексеев, Н.Г.Алексеев, Г.С.Батищев, О.И.Генисаретский, В.В.Давыдов, В.П.Зинченко, Ю.А.Левада, В.А.Лекторский, М.К.Мамардашвили, В.М.Розин, В.Н.Садовский, В.С.Швырев, Э.Г.Юдин и др. С 1962 года этот семинар занимался проблемой "Системы и структуры в современной науке". По мнению Б.Г.Юдина, этот семинар, подлинно междисциплинарный, можно считать непосредственным началом системных исследований в стране (390, 110). Именно в рамках семинара было подготовлено первое издание по системной проблематике, сборник тезисов «Проблемы исследования систем и структур. Материалы конференции» (М., 1965), получивший широкую известность, несмотря на то, что проведение самой конференции было запрещено, а тираж сборника - формально арестован. Семинар Г.П. Щедровицкого в числе прочих проблем методологии мышления обращался непосредственно к разработке системного подхода как методологической программе исследования.