Это были более чем серьезные обвинения, и для ученых, занимающихся системным подходом, все могло закончиться печально, если бы не «политическая смерть» главной «идеологической дубинки» середины 70-х годов - секретаря Московского горкома партии по идеологии В.Н.Ягодкина, инициатора разбирательства с авторами ежегодника на уровне ЦК партии, и его «референта» Л.Н.Суворова. Обсуждение ежегодника в ЦК партии все же состоялось и имело дальнейший резонанс, но частичное снятие политической подоплеки позволило перевести проблему в плоскость дискуссии, которая развернулась и в печати, и в научных сообществах.

Как отмечали позже сами участники истории борьбы идеолого-партийного аппарата против развития методологической проблематики системных исследований, хотя эта борьба диктовалась не чисто научными интересами, но она заставила «сформулировать основные принципы советской концепции системных исследований, уровни методологического анализа, отношения системного подхода и диалектики, понимания общей теории систем как метатеории» (46, 120).

В то же время, по мнению Б.Г.Юдина, различение философского и общенаучного (к которому и относился системный подход) уровней методологического анализа играло защитную роль - «методологи, провозглашавшие, что они занимаются не философией, а общенаучной методологией, обретали тем самым какое-то укрытие от философско-идеологического надзора» (390, 125) .

Эта философская дискуссия сыграла роль научного, а одновременно, благодаря ее некоторому диссидентскому оттенку, и роль социокультурного фактора, так или иначе повлиявшего на распространение системного подхода в конкретных науках. Обвинение ортодоксами системного подхода в претензиях на замену собой марксистской методологии и философии, звучавшие с трибун и в печати, на фоне постепенного разочарования в коммунистической идеологии и «романтического сциентизма» «ненамеренно создали системному подходу рекламу, авторитет, ореол благопристойности» (124, 147). Однако для политизированных областей знания, в частности, для педагогики, обращение к системному подходу до окончания дискуссии было шагом достаточно смелым.