Школьники, в особенности подросткового возраста, испытывают определенный дискомфорт при публичных выступлениях (ответах у доски) и стараются избегать их. При обучении по ИОСО школьник по каждой теме может отвечать учителю лично или кому-либо из учащихся, что обеспечивает ему «защиту» от насмешек сверстников по поводу неудачного ответа. Это обстоятельство помогает учащемуся раскрепоститься и чувствовать себя более уверенно при ответе, не стесняться своего недопонимания, а выяснять непонятные места.

Кроме того, при ответе школьник должен в течение примерно 5 минут говорить самостоятельно. Это вынуждает его, во-первых, готовить логичный, доказательный и связный текст, а не рассчитывать на подсказку, и, во-вторых, нести ответственность за сказанное, поскольку невозможно сослаться на то, что учитель не дослушал, не понял, что ты хотел сказать, и «занизил» оценку.

Ученик имеет право на пересамоопределение, имеет право изменить уже осуществленный ранее выбор уровня освоения данного предмета или данной темы, выучив, пересдать материал на более высокую оценку.

Ученик имеет реальную возможность самостоятельно, без помощи учителя изучать как отдельные темы, так и предмет в целом (особенно это важно в случае, когда ученик вынужден отсутствовать на занятии – болезнь, отъезд и т.д.). Эта возможность обеспечивается за счет сформированных у школьника умений планировать собственную деятельность по изучению учебного материала (средством для этого служит индивидуально-ориентированный план) и понимать тексты, содержащие этот учебный материал.

Ученик имеет возможность сэкономленное им время на изучении темы, предмета тратить по своему усмотрению (например, изучать в это время другой предмет или заниматься своими делами).

Многие преимущества индивидуально-ориентированной системы обучения связаны, прежде всего, с тем, что созданные условия позволяют школьникам чувствовать себя более комфортно (его не сравнивают с другими, не подгоняют, не ругают, его работу организуют так, чтобы у него получалось), и, вопреки распространенному мнению, что именно возникший внешний дискомфорт вынуждает учащегося действовать, улучшать результаты обучения.