Работая в Менниджеровской клинике, М. Боуен стал испытывать неудовлетворённость тем, психоаналитическая психиатрия делала упор на индивидуальное, субъективное. Он был также озабочен отсутствием у психоаналитической теории прочных оснований в естествознании. М. Боуен серьёзно занялся естественными науками и эволюционным учением и развил на этой базе целую серию представлений о поведении человека, которые он пытался уложить в рамки естественных наук.

В 1954 г. М. Боуен перешёл в Национальный институт здоровья в Вашингтоне, где начал проверять свои новые теоретические представления с помощью прямого наблюдения за семьями больных шизофренией. Родители молодых людей-шизофреников в течение всего курса лечения жили в больнице вместе со своими детьми, а М.Боуен наблюдал за системой взаимоотношений в этих семьях. Во многих случаях он обнаруживал бросающуюся в глаза эмоциональную отчуждённость между родителями – отношения, названные им эмоциональным разводом. Эта отчуждённость нередко устанавливалась после периода колебаний между сверхблизостью и сверхдистантированностью как некий компромисс, подчинённый задаче сохранить «мир любой ценой». Единственной областью общей активности – и, соответственно, отыгрывания конфликта – оставалось воспитание детей, особенно если эти дети обнаруживали признаки психиатрического расстройства. В таких семьях детям как бы нельзя обретать независимость – это ставило бы под угрозу существование семьи. Поэтому подростковый период сопряжён для таких детей с особенно острым внутренним конфликтом и, соответственно, с повышенным риском развития психопатологии.

В 1959 г. М. Боуен перешёл в Джорджтаунский университет в Вашингтоне, где спустя шесть лет благодаря его усилиям был открыт Джорджтаунский центр семьи, впоследствии ставший самостоятельным научно-исследовательским центром.

М. Боуен был самым крупным теоретиком среди пионеров семейной психотерапии. Он пытался развить естественнонаучную теорию человеческого поведения, которая была бы применима ко всем людям и в условиях любых культур. В отличие от других психотерапевтов и теоретиков семьи, М. Боуен не стал пользоваться понятиями из общей теории систем, такими, как «энтропия», «обратная связь». По его мнению, эти термины отражают механистический, дедуктивный подход к человеку, который берёт своё начало в физике и кибернетике и не может адекватно описать биологическую природу человека. М. Боуен предпочитал пользоваться терминами естественных наук и эволюционного учения.