В целях лучшей организации учебного режима во вспомогательной школе Наркомпрос устанавливает предельную норму учащихся в школе — 200 детей, в классе — 16. Занятия во всех вспомогательных школах рекомендуется проводить в одну смену, а во вторую половину дня организовывать кружковые занятия и помощь в приготовлении домашних заданий. В приказе были предусмотрены также мероприятия по улучшению трудовой подготовки учащихся и физического их воспитания. Были даны указания по улучшению руководства вспомогательными школами, подбора кадров, по повышению квалификации учителей, изданию учебников и пособий.

После того как был пересмотрен состав учащихся вспомогательных школ, сеть этих школ значительно сократилась. Новый состав учащихся позволил развернуть работу во вспомогательной школе в соответствии с ее спецификой и задачами обучения и воспитания умственно отсталых детей.

В 1938 году были выпущены новый учебный план и программы для вспомогательной школы, в которых более рационально решались вопросы сочетания общеобразовательной и профессионально-трудовой подготовки учащихся.

Новый учебный план и программы ставили цель — дать учащимся вспомогательной школы общеобразовательную подготовку в объеме четырехлетней начальной школы в течение семи лет. Лишь отдельные разделы программы по арифметике, естествознанию, географии и истории были сокращены или расширены, с учетом доступности материала и с учетом того, что вспомогательная школа для большинства ее учащихся является учебным заведением, где завершается их образование.

По всем учебным предметам для вспомогательных школ начали издаваться специальные учебники.

В 1940/41 учебном году были введены измененные в сравнении с предыдущими учебный план и программы вспомогательной школы. Этот учебный план предусматривал начало профессионально-трудового обучения с III класса. Это было вызвано тем, что во вспомогательную школу стали поступать дети более старшего возраста, после обязательного 2—3-летнего пребывания в массовой школе. По аналогии с массовой школой во вспомогательной были введены проверочные испытания в V—VII классах. Ранняя профессионализация учащихся вспомогательных школ себя не оправдала, так как учащиеся ни физически, ни психологически не были подготовлены к этому. По этой причине с 1943/44 учебного года был установлен новый порядок включения учащихся в профессионально-трудовую подготовку, которая начиналась по достижении учащимися 12-летнего возраста ( независимо от класса, в котором учится). Как правило, профессиональное обучение начиналось с IV класса.