Для появления этой неопределенности и многозначности предмета методологии были свои причины. Дело в том, что методология как таковая, в первую очередь методология науки, в советские времена стала оформляться лишь в 60––70е гг. прошлого века. До этого, да и в те времена партийными органами считалось, что вся методология заключена в марксистско-ленинском учении, и всякие разговоры о какой-либо еще «методологии» вредны и опасны. Несмотря на это, методология науки, благодаря трудам П. В. Копнина, В. А. Лекторского, В. И. Садовского, В. С. Швырева, Г. П. Щедровицкого, Э. Г. Юдина и других авторов стала развиваться. И в этом их огромная заслуга, поскольку они смогли противостоять идеологическому давлению. Но в то же время они поделили методологию (рассматривая только лишь методологию науки) на четыре этажа:

1.      философский;

2.      общенаучный;

3.      конкретно-научный;

4.      технологический (конкретные методики и техники исследования) (СНОСКА: См., например: Методологические проблемы современной науки. — М.: Наука, 1978).

Это разделение методологии было признано практически всеми методологами и стало подобием «священной коровы» — оно не подвергалось сомнению. Но такое деление привело к тому, что ученые должны были заниматься методологией или использовать ее в своих исследованиях лишь на каком-то определенном «этаже» — порознь. А единая картина? А единая методология? И эту путаницу в методологии мы имеем до сих пор.

Действительно, судя по всему, верхние первый и второй этажи вышеуказанной конструкции строения методологии отведены для философов. Но философы сами конкретных научных исследований не ведут (за исключением собственно философских исследований). Они анализируют лишь наиболее общие результаты, полученные в различных отраслях научного знания в прошлых исследованиях, как правило — в прошлых десятилетиях. Их труды, поэтому, следует отнести, в основном, к гносеологии как науке о познании, логике науки и т.д., т.е. к тем аспектам, которые связаны с наукой как сложившейся системой научных знаний (прошлая деятельность умерла, остались лишь ее результаты). А ученым — представителям конкретных на ук — физикам, химикам, педагогам и т.д. нужна методология (как наука об организации деятельности — см. ниже) как оружие их собственной деятельности для проведения их собственных настоящих исследований, проводимых в настоящее время. Кроме того, сочинения философов по проблематике гносеологии и методологии зачастую написаны настолько сложным, заумным языком, что для «простых» ученых они просто недоступны.