Вообще, применение в науке методов из других областей наук, зачастую дает положительные результаты. Так, к примеру, возникла школа рентгенокристаллографии белка. Так в годы становления психологии в качестве самостоятельной науки возникла школа Вундта. Ее программа получила название структуралистской и соответствовала исторической потребности в экспериментальном изучении психологических явлений (главная проблема виделась в выявлении путем эксперимента элементов, из которых строится сознание).

Новая идея, лежащая в основе исследовательской программы научной школы, может возникнуть как результат обобщения знаний об объекте. В этом случае синтез может выступать в виде теории, в которой разнородные знания об объекте объединяются в целостную систему. Примером научной школы с подобным типом программы можно считать химическую школу А М. Бутлерова, который предложил в основу изучения неорганических соединений положил понятие химического строения. Он сформулировал восемь пунктов, конкретизирующих его положение о химическом строении, и отметил три типа методов, с помощью которых возможно изучение химического строения вещества. Теоретической, в данном смысле, является и педагогическая научная школа Л. В. Занкова: изучив факты изменения процесса наблюдения у школьников начальных классов, он выдвинул предположение о различных путях влияния обучения на развитие учащихся. На основе этого предположения Л. В. Занков разработал такое построение учебного процесса, чтобы «обучение шло впереди развития». Был выдвинут ряд принципов обучения, которые составили теоретическую основу экспериментальной системы начального обучения – широко известная сегодня «система развивающего обучения Л. В. Занкова». Теоретическими являются так же копенгагенская научная школа Н. Бора, научная школа Л. Д. Ландау, школа Л. С. Выготского и т.д.

В любом случае, связано ли возникновение программы с применением нового метода, или с введением новых фундаментальных понятий, теорий, ее фундаментальные утверждения должны быть в последующем подтверждены экспериментально.