Формирование системного представления об объекте означает выделение компонентного состава и структуры (иерархии компонентов в совокупности со связями между ними); установление функционального назначения каждого из компонентов и системообразующего фактора (внутреннего механизма, способного переводить систему в новое качество). Важно также представить контекст жизнедеятельности системы и способы ее связи с окружающей средой.

Чтобы проектировать школу-лабораторию, необходимо понимать, из каких «частей» она должна состоять. Что нового по сравнению с обычной школой в ней появится: специалисты, организационные структуры, учебные программы, способы обучения? Что именно превратит учебное учреждение в лабораторию: приказ по районному управлению образования, дополнительные ставки для научного руководителя и методистов; изменение уровня компетентности кадров, появление методических кафедр, новое отношение учителей и учащихся к образовательному процессу? Каким образом появление исследовательских функций в деятельности педагогов и учащихся повлияет на жизнедеятельность школы и ее отношения с другими образовательными и административными структурами.

Чтобы развивать высшее учебное заведение как гуманитарную систему, необходимо иметь структурную модель гуманитарного качества, чтобы она могла «прорасти» сквозь все компоненты этой системы.

Структура любой образовательной системы на уровне выделения ее компонентов может быть выстроена по разным основаниям. Значит, и проектирование может быть разнонаправленным. Проектные усилия приоритетно могут быть ориентированы на развитие организации (структурно-функциональных связей внутри учреждения), учебно-методической системы, системы управления и образовательного пространства или учреждения как качественно определенной целостности. Например, классической гимназии или технического университета. Однако в любом случае при проектировании структуры нужно следовать правилу изоморфности структуры системы ее функциям. Развитию системы может в равной степени мешать как недостаток, так и избыточность структурных компонентов.