Структурная модель науки не является линейной, она многоуровневая, многоплоскостная (СНОСКА: Москаленко П. Г. Структурная модель науки как дидактическое основание формирования системных знаний школьников // Новые исследования в педагогических науках / сост. И. К. Журавлев, В. С. Шубинский. – Вып. 2 (58). – М.: Педагогика, 1991. – С. 30-33). По утверждению известного американского физика Р. Феймана, все части науки настолько связаны друг с другом, что часто трудно решить, что надо излагать сначала, что потом. Поэтому, по мнению исследователя, расположение разделов внутри курса общей физики и последовательность изложения – вопрос всегда условный (СНОСКА: Фейман Р. Феймановские лекции по физике / Р. Фейман, Р. Лейтон, М. Сэндс. – Ч. 1-2. – 3-е изд-е. – М.: Мир, 1976. – С. 7). Как нам кажется, это очень важное слово – «условный». Многое что зависит от тех условий, которые мы учитываем и в которых действуем.

Следовательно, структурировать содержание учебного предмета возможно по-разному, получая эквивалентные системы. Например, содержание предметной области можно формировать традиционно, т.е. линейно, последовательно, по темам и разделам. В данном случае «модели знаний по структуре представляют линейные отношения понятий и объектов. Примерами линейных структур моделей знаний могут служить учебные программы курсов, оглавления учебников. Альтернативными нелинейными структурами являются семантические сети знаний» (СНОСКА: Пак Н. И. Нелинейные технологии обучения в условиях информатизации: монография. – Красноярск, 2004. – С. 62).

При построении программ предметов, имеющих ведущим компонентом основы наук, необходимо учитывать логическую их структуру, зависимости между теми или иными элементами научного знания, логику организации познания (опираясь на сложившееся состояние проблемы в методологической и науковедческой литературе). Это отражается в делении курса на разделы, включении в их содержание методов и способов деятельности, специфичных науке, в сочетании направлений движения мысли (от явления к сущности и от сущности к явлению). Совокупность знаний в этих предметах должна представлять систему, адекватную по своему составу соответствующей науке.