1.      Единственная последовательность расположения тем, отсутствие очевидных внутрипредметных связей между ними в значительной степени затрудняет планирование занятий, а именно: распределение разных тем и заданий между школьниками.

2.      Изучение разделов курса по одной последовательности не позволяет обеспечить завершённость их освоения школьниками, которые продвигаются медленно. Особенно, когда разделы включают темы, которые эти ученики по разным причинам пока не в состоянии изучить. Хотя возможность возвратиться к ним существует, но реально не реализуется, поскольку отставание нарастает.

3.      Разбиение программы предмета на годичные блоки вносит много ограничений в характер учебных отношений школьников в разновозрастной группе. Если отдельные учащиеся разных лет обучения и объединяются друг с другом, то только на материале сквозных тем (многие программы построены концентрически), общих способов работы (например, изучение стихов по методике Ривина), проведения старшими и успешными школьники консультаций и проверок для младших: для одних учеников материал новый, для других он является повторением.

4.      При соблюдении индивидуального темпа изучения материала каждым школьником, но по одной последовательности, рано или поздно начинает проявляться отрицательный социально-психологический момент: разделение на «сильных» и «слабых» (или вернее, аутсайдеров). Разумеется, что за равное время одни ученики качественно могут изучить больше тем, а другие меньше. Однако именно одинаковая последовательность программы создаёт негативную ситуацию: аутсайдеры не только меньше знают, но имеют мало возможностей для разнообразных взаимодействий с остальными школьниками (они практически не могут проверять и обучать новому), нарушается принцип «Каждый есть цель, каждый есть средство», что отражается на результатах работы всего коллектива.

Данные проблемы усилили необходимость разработки предметных программ, которые позволяют формировать разнообразные индивидуальные последовательностей освоения содержания образования.