Появление второго подхода приходится на 90-е годы ХХ века, когда в отдельных классах в разных регионах страны коллективные учебные занятия стали проводиться практически по всем предметам. В тот период вопросы создания специфических программ учебных предметов ещё не являются актуальными. Особое место придаётся созданию учебных маршрутов в рамках содержания одного учебного года, чтобы была возможность изучать темы не одну за другой, а параллельно.

В общих чертах схема создания маршрутов сформулирована М. А. Мкртчяном: 1) каждый изучаемый предмет делится на отдельные разделы и темы; 2) устанавливается логическая зависимость между разделами, а внутри разделов – между темами; 3) далее на основе этого составляются возможные последовательности изучения разделов и тем предмета. Темы распределяются между учащимися (СНОСКА: Методология, теория и практика коллективных учебных занятий: учебно-методическое пособие / М. А. Мкртчян [и др.] ; под ред. Д. И. Карповича, В. Б. Лебединцева. – Красноярск, 2003. – С. 70).

«Если в курсе встречаются логически независимые темы, маршрутов может быть несколько. Например, если все темы независимы, а их число равно п, то маршрутов может быть п. Если, к примеру, есть строгая зависимость внутри раздела, а сами разделы независимы, то можно одновременно начать изучение всех разделов (СНОСКА: Разделы распределяются между разными учениками), а внутри раздела продвигаться по одному маршруту». (СНОСКА: Попова А. И. Об организации коллективных занятий / А. И. Попова, И. Г. Литвинская // Начальная школа. – 1990. – № 8. – С. 39)

Заметим, что выстраивание программой всевозможных последовательностей освоения содержания учебного предмета, предполагаемых вторым подходом, не игнорирует логическую структуру изучаемой системы знаний и психолого-педагогические закономерности их усвоения школьниками, как иногда может показаться.

Осознание проблемы разработки специфических программ учебных предметов для организации коллективных учебных занятий становится актуальной в начале текущего десятилетия. Красноярский институт повышения квалификации работников образования стал разворачивать исследовательские работы по организации коллективных учебных занятий в разновозрастных группах в малочисленных сельских школах. Предпринимавшиеся до этого попытки организации коллективных занятий в разновозрастных группах не шли дальше фрагментарного объединения учащиеся разных классов. Рамки годичных блоков программы очень ограничивали взаимодействие между учениками разных классов.