Действия ребенка с графической схемой и фишками являлись средством фиксации каждой выделенной фонемы и средством контроля за правильностью полученного результата. Так, если ребенок заполнил не все клетки, то ясно было, что он выделил не все фонемы.

На следующей стадии фонемного анализа дети знакомятся с различением гласных и согласных звуков и заполняют графическую схему фонемного состава не одинаковыми для всех фонем фишками, а разными по цвету или форме (например, гласные — красные фишки, согласные — черные). Необходимо особо подчеркнуть значение выделения гласных, которые должны обозначаться всегда определенным образом (например, всегда красным цветом).

На этой стадии необходимо сразу познакомить детей с ударением и научить выделять его в слове и обозначать.

Ударение в русском языке несет смыслоразличительную функцию. От правильности ударения зависит правильность воссоздания звуковой формы слова, а следовательно, и понимание значения слова. В русском языке есть совершенно одинаковые по своему фонемному составу слова, звуковая форма которых различается только местом ударения (замок — замок; стрелки — стрелки и т. п.). Выделение ударения и его правильная постановка важны еще и потому, что именно ударение скрепляет слово в единое акустическое целое, позволяя преодолеть слоговое произнесение слова. Для чтения целыми словами это имеет особое значение. Мы обучали детей выделять ударение путем произнесения слова с последовательным ударением на всех гласных звуках. Например, дети учились произносить слово лиса с ударением на и — лиса, а затем с ударением на а — лиса и устанавливали, при каком ударении слово звучит правильно. (Возможны и другие методические приемы.) Таким образом, на этой стадии фонемного анализа слово представлялось как соотношение и чередование в различном порядке гласных и согласных фонем с обозначением ударения.

На третьей стадии фонемного анализа дети знакомились с твердыми и мягкими фонемами — одним из основных фонематических противопоставлений, свойственных строю русского языка. Твердые и мягкие фонемы обозначались при этом фишками разного цвета; таким образом, происходила дифференциация согласных фонем. На этой же стадии вводилась и дифференциация звонких и глухих согласных. Звонкость и глухость обозначались на тех же фишках специальным значком.