«Естественный способ обучения» имел преимущества перед методикой обучения по звуковому устному методу А. Ф. Остроградского. Оно заключалось в том, что дети значительно больше тренировались специально в чтении с губ бытовой речи независимо от обучения произношению. Методика артикуляционных упражнений и постановка звуков при этом также значительно отличалась от методики обучения по звуковому методу А. Ф. Остроградского. Артикуляционные упражнения подразделялись на беззвучные и голосовые. Постановка же отдельных звуков давалась слитно в слоге, без их вычленения.

Однако, несмотря на эти очевидные различия указанных методик обучения произношению, их объединяло применение многочисленных формальных тренировочных упражнений по формированию устной речи. В «естественном способе» они были представлены в более развернутом виде (однофазные, двухфазные слоги и т. д.).

Обучение по системе «естественный способ» было связано и с учебными программами Петербургского училища начала XX века, которые значительно отличались от программ 1898 года. В учебных планах как мужского, так и женского отделений училища увеличивалось количество часов на обучение языку, ремеслам, рукоделию. Большее время стало уделяться и религиозному воспитанию. Время на обучение общеобразовательным предметам было сокращено. В том же направлении изменилось и содержание программ. Так, в программе по русскому языку круг знаний был сокращен и ограничен практическим умением пользоваться устной и письменной речью в обиходной жизни. В программах по русскому языку для IV, V и VI классов нового учебного материала не давалось. Пройденное в предыдущие годы, особенно в III классе, предлагалось повторять, расширять и даже заучивать наизусть. В программу для VII и VIII классов, кроме грамматики русского языка, было включено чтение доступных детям литературных произведений; предусматривались упражнения в их изложении под руководством учителя и самостоятельно. В целях обогащения языка учащихся их знакомили с пословицами, поговорками, иносказательными выражениями, кроме того, им предлагалось вести дневники.