Разрабатывая свою систему, П. Д. Енько провел ряд специальных исследований процесса обучения русскому языку глухих учащихся по «естественному способу» в начальных классах училища глухих. При этом оказалось, что наибольшее количество времени уходило на вызывание и постановку звуков, а также тренировку в чтении с губ. «Естественность» способа П. Д. Енько практически означала упражнения по технике в устной звуковой речи, притом не по заданной системе, а по необходимости, обусловленной ходом упражнений. Материалы данных исследований свидетельствуют об однообразии и механистичности практического осуществления идеи «естественного способа». От использовавшего этот способ учителя требовалась большая изобретательность, умение эмоционально окрашивать занятия для того, чтобы не отбить у детей желание учиться устной речи, а потом и пользоваться ею.

Исследования П. Д. Енько, в которых проверялась эффективность его «естественного способа», основывались на методах экспериментальной педагогики, психологии и дидактики, с одной стороны, а с другой — были связаны с идеями И. П. Павлова. Однако П. Д. Енько пытался механически перенести на глухих те данные И. П. Павлова, которые были получены им при изучении высшей нервной деятельности животных.

Несмотря на настойчивые стремления распространить и внедрить систему «естественный способ» в практику русских училищ глухих, П. Д. Енько сделать этого не удалось. К концу своей жизни в одном из отчетов по учебно-воспитательной работе Петербургского училища П. Д. Енько высказал свои мысли о тех причинах, которые помешали распространению системы «естественный способ». Это, по его мнению, безграмотность учащихся при обилии слов, усвоенных ими в процессе обучения по «естественному методу». Кроме того, показная сторона этой системы в конечном счете также приводила к отрицательным результатам. Очевидно, что обученные его методом учащиеся плохо говорили.

Из системы «естественный метод» в практику Петербургского и других училищ очень скоро вошло чтение с губ как самостоятельный предмет обучения. В Киевской школе «чтение с губ» было включено в расписание уроков, в Мариинской (Мурзинка) — в особый раздел — «Речь» и т. д. Слоговой метод, обосновывавшийся данными лингвистики того времени, не был внедрен в практику обучения речи. Только при обучении по звуковому аналитическому, а в дальнейшем и аналитико-синтетическому методу обучения речи слог становился составной частью работы над словом и звуком.