П. Д. Енько склонялся к тому, чтобы подчинить весь процесс обучения совершенствованию произносимой и читаемой с лица речи на уроках собственно речи, а также закона божьего, арифметики, на уроках ремесла и в процессе сообщения общеполезных сведений.

Программа училища, таким образом, резко сокращалась, обучение в целом приобретало откровенно и исключительно прагматическую направленность.

Система обучения по «естественному способу» состояла из двух этапов, охватывавших периоды первоначального и общеобразовательного обучения:

1. Обучение чтению с губ, устной речи и грамоте.

2. Практическое использование приобретенной устной и письменной речи в элементарном общеобразовательном и ремесленном обучении.

Первый этап «естественного способа» включал обучение чтению с губ и артикуляции «прямо со слогов». Его осуществление предполагало решение двух задач: а) научить глухого говорить и понимать речь окружающих через зрительное восприятие; б) учить образцам речи, практически необходимым, часто повторяющимся в общении с окружающими. Последнее составляло главную особенность естественного способа обучения глухих.

В противоположность немецкому методу П. Д. Енько сделал чтение с губ основанием для упражнений в артикуляции. Прежде чем научиться артикулировать, ребенок должен был овладевать умением читать с губ фразу и понимать ее, а также членить ее на отдельные слова. После того как ребенок выучивался артикулировать и говорить, чтение с губ продолжалось параллельно с произношением.

Излагавшиеся П. Д. Енько объяснения не давали достаточно четкого представления об этой системе обучения по «естественному способу». Создавалось впечатление, что это «обучение без процесса обучения», постоянные напоминания и повторения фактов, связанных с событиями из жизни детей и окружающих. Обучаясь по этой системе, ученик должен был сам учиться находить учебный материал, а учитель выполнял лишь роль помощника. Учитель, систематически обучавший ученика учебным предметам по методу П. Д. Енько, выступал в роли пассивного наблюдателя и консультанта в случаях затруднений, возникавших у ученика в процессе самостоятельного приобретения знаний.