В школе царил "свободный беспорядок". Расписание было, но не соблюдалось. Ученик был вправе не приходить на занятия и не слушать учителя. В свою очередь преподаватель был волен не пускать ученика в класс. Порядок и программу обучения согласовывали с детьми. Учителя составляли недельный план по школьным предметам (чтение, письмо, чистописание, грамматика, священная история, русская история, математика, беседы по естественным наукам, рисование, черчение, пение). Планы также могли корректироваться по желанию учеников. Например, их любимым занятием было сочинение стихов. Занятия шли по утрам и вечерам, 7-8 часов. Они строились в форме свободных бесед учителя с учениками.

Небольшой коллектив учителей работал дружно и согласованно.

Сам Толстой преподавал в старшем классе математику и историю, проводил физические эксперименты.

Яснополянская школа добивалась прекрасных результатов. В три месяца дети приобретали умение бойко читать. Ученики не знали страха перед учителем. Если кто-либо делал особые успехи, учитель от избытка чувств мог подхватить отличившегося под мышки и посадить на шкаф. На переменах учитель катался с ребятами на коньках, вертелся на турнике. Ребят звали шутливыми кличками: "Васька-карапуз", "Мурзик", "Обожженное ушко" и пр. На уроках поддерживался дух равноправия. Учитель, например, мог попросить ребят написать рассказ по пословице, а те ему в ответ говорили: "А ты сам попробуй напиши",- и учитель принимался писать.