Идея общечеловеческого воспитания лежит в основе взглядов Пирогова на принципы школьной системы. Он считал правильным создание внесословного, бесплатного и обязательного на начальной ступени образования. Такая система должна сочетать общечеловеческое воспитание и образование. Вершина общечеловеческого и одновременно общедоступного образования – классицизм в неогуманистической форме (древние языки, родной язык, история и математика). Предлагался отказ от ранней специализации, которая была принята в гимназиях 1840-1860-х гг.

Пирогов разработал проект школьной системы. Первая ступень - 2-летняя элементарная школа с традиционным набором дисциплин: Закон Божий, чтение, письмо, счет. Предлагалось обучать во все времена года, широко применяя наглядность и по возможности соединяя обучение с ремесленной подготовкой. Планировалось построить на фундаменте начальной школы две ветви среднего образования - реальную и классическую. Каждая ветвь должна была состоять из двух звеньев: прогимназии и гимназии. Срок обучения в реальной прогимназии составлял 4 года. Программа включала Закон Божий, русский язык, арифметику, алгебру, геометрию, 2 новых языка, географию, историю, естествознание, черчение и другие предметы из области современных знаний. В реальную прогимназию предполагалось принимать без испытаний; ее выпускникам открывался путь в практическую жизнь, реальную гимназию, классическую прогимназию.

Классическая прогимназия должна была состоять из четырех классов. В дополнение к программе реальной прогимназии добавлялись древние языки. Назначение классической прогимназии определялось как подготовка в классическую гимназию и далее в университет.

Возвышавшиеся над прогимназиями реальная и классическая гимназии должны были иметь особые отличия в программах. В реальной гимназии предлагалось выбор дисциплин "как можно более сообразовывать с местными потребностями"; ее выпускники могли идти в высшие технические заведения. Программа классической гимназии должна была включать небольшое число тщательно и глубоко-изучаемых предметов; ее выпускники шли в университет.