Пирогов выделял два рода воспитания - общечеловеческое и специальное. До определенного жизненного рубежа, когда в каждом обнаруживаются склонности и призвание, все люди должны пользоваться плодами одного и того же общечеловеческого воспитания. Специальное воспитание, следовательно, наступает после общечеловеческого. Первостепенная цель воспитания, подчеркивал Пирогов, - научить "быть человеком". "Быть человеком - это значит научиться с ранних лет подчинять материальную сторону жизни нравственной и духовной".

Таким образом, главное -- это нравственное воспитание. Осуществлять его предлагалось в ходе целостного педагогического воздействия и собственно при обучении. Под нравственным воспитанием понимались, во-первых, помощь ребенку в осознании окружающего мира и общественной среды, во-вторых,-- превращение "добрых инстинктов" в сознательную тягу к идеалам добра и правды, в-третьих, - формирование характера и убеждений.

Вслед за многими мыслителями Пирогов считал двойственность человека следствием его биологической и общественной природы. Он утверждал, что каждой личности свойственна постоянная борьба "внутренней и внешней природы". Воспитание оказывается единственно приемлемым способом привести в гармонию природное и общественное в человеке: "Только то воспитание сулит наиболее шансов на успех, в котором воспитатели сумеют приспособиться к индивидуальности своих воспитанников и ее приспособить к жизни". Педагогика должна научиться вникать в мир детства, сообразовываясь с темпераментом, способностями воспитанника ("приноровлено к различным способностям и темпераменту каждого, то развивая, то обуздывая их").

Не прошел Пирогов и мимо проблемы народности воспитания, активно обсуждавшейся в общественных и педагогических кругах. Он полагал, что общечеловеческое воспитание должно быть согласовано с идеей национального воспитания: "Все мы... можем сделаться через воспитание настоящими людьми... нисколько не переставая быть гражданами своего отечества и еще рельефнее выражая через воспитание прекрасные стороны своей национальности".