В Академии было восемь основных классов и один подготовительный. Учение отдельных школяров растягивалось на 15-20 лет. Исключали из Академии крайне редко.

Лихуды ввели преподавание латинского языка, схоластический метод, преподавание риторики, логики и физики по Аристотелю. Ими были составлены учебные пособия на греческом и латинском языках по грамматике, пиитике, риторике, логике, психологии, физике. Ученики старших классов переводили с греческого на славянский труды братьев Лихудов.

Деятельность братьев в Академии длилась семь лет. Они подготовили учеников, продолживших их дело: Ф.Ф. Поликарпова, Н. Головина, П. Рогова. В результате интриг противников латино-греческого образования Лихуды в 1694 г. были отправлены в отставку, а в 1698 г. заточены в Новоспасский монастырь.

Тогда же в Академии прекратилось вплоть до 1700 г. преподавание латыни. Программу стали строить на принципах, имевших в виду отказ от старорусского начетничества и одновременно от латинской учености и утверждавших ориентацию на византийско-русскую традицию в образовании.

Академия сыграла важную положительную роль в развитии просвещения. Как пишет русский историк С. Смирнов, благодаря Академии "русские примирились с мыслью о пользе науки".

Академия однако не стала подлинным научным центром высшего образования. Соединение славянской, эллинской и латинской традиций образования состоялось в виде давно умершей в научном отношении схоластики. Академия сделалась инструментом искоренения инакомыслия. Ей была предоставлена монополия на обучение. Семьи, заводившие без разрешения Академии домашних учителей языков, подвергались конфискации имущества. По словам русского историка С.М. Соловьева, Академия оказалась "страшным инквизиционным трибуналом". Образовательные задачи Академии были сведены до минимума. Не случайно уже в конце XVII в. ее роль как центра просвещения падает; многие учителя не справлялись со своим делом и предпочитали занятие "справщиков" в типографии.