При определении содержания повышенного образования развернулась острая полемика между сторонниками греческого (византийского) и латинского (западноевропейского) вариантов. Представитель "грекофильского" направления Славинецкий полагал, что ориентация на греческую культуру и образованность послужит укреплению православия, и выступал против изучения латыни как транслятора еретических взглядов. Идеологи "латинофильского направления" С. Полоцкий и С. Медведев видели в латыни источник светской культуры и образованности Запада.

Своеобразным компромиссом между этими двумя подходами оказалась деятельность греческих монахов, питомцев Падуанского университета (Италия) братьев Иоанникия и Софрония Лихудов, которые прибыли в Москву в 1685 г. В том же году братья открыли школу в Богоявленском монастыре. Здесь они преподавали греческий, латинский и итальянский языки. В числе первых школяров были несколько учеников из Типографского училища.

В 1687 г. школа Лихудов была переведена в новое специально отстроенное здание. К этому времени в ней насчитывалось около 80 учеников. Так было основано учебное заведение нового типа – Славяно-греко-латинская академия. Идея создания академии высказывалась еще в 1680 и 1682 г. Смерть царя Федора Алексеевича и волнения стрельцов отодвинули на несколько лет учреждение такого заведения.

Преподавание в Славяно-греко-латинской академии (первоначальное название Эллино-греческая академия) сначала велось на славянском, греческом и отчасти латинском языках. Программа напоминала программу латинской городской школы. "Привилегиями" (уставом) Академии предусматривалось преподавание гражданских и духовных наук: грамматики, риторики, логики и физики, диалектики, философии, богословия, юриспруденции, латыни и греческого языка, других светских наук. Как и на Западе, многие науки преподавались в духе аристотелизма. Вместе с тем шли поиски иных толкований материального мира. Так, в споре между сторонниками математической атомистики ("зенонисты") и приверженцами теории бесконечной делимости ("аристотелисты") наметился некий третий подход, который приближался к идее существования физического атома.