Теория Фрейда, пользующаяся в качестве инструмента исследования психологическим методом, является по сути своей биологической. По мнению ее основателя, человек рождается с запасом энергии, хранящейся в бессознательной сфере («Оно», «Ид»), которая состоит из сексуальных и агрессивных инстинктов. Вывести эти процессы из физиологических законов организма Фрейду не удалось, и он обратился к анализу гипнотического внушения, сновидений и патологических переживаний больных людей. Наблюдая за одной из пациенток, Фрейд заметил, что та стала выражать по отношению к врачу чувства, которые раньше испытывала к отцу. У него возникла мысль, что бессознательные детские влечения могут переноситься на других лиц, что позволяет догадываться о содержании бессознательных мыслей и чувств. Вслед за переносом (трансфером) способом проникновения в сферу бессознательного стал метод свободных ассоциаций: если субъекту предложить говорить все, что приходит ему в голову, то он высказывает странные мысли или вдруг испытывает замешательство, жалуется, что не знает, о чем говорить. Фрейд полагал, что пациент таким образом сопротивляется внутреннему «цензору», о котором ему самому ничего не известно. В последующем эти исследования были дополнены проективными тестами, с помощью которых можно обнаружить проекцию бессознательных чувств испытуемого на его ответы.

Во всех проявлениях психической жизни Фрейд видел конфликт между сознанием и бессознательным, а также механизмы защиты от него. Наша жизнь, писал он, полна конфликтов, но сознание накладывает вето на все, что может сделать жизнь невыносимой. Так, из сознания устраняются воспоминания о первых годах жизни, наполненных постыдными для взрослого человека сексуальными желаниями ребенком своих родителей и страхом подвергнуться за это наказанию (комплекс Эдипа) или агрессивными побуждениями по отношению к родившемуся младшему ребенку в семье. Большая часть вытесненных желаний не может получить прямого удовлетворения, из-за чего возникает конфликт, проявляющийся тревогой, неразрешимым напряжением - фрустрацией. Вследствие этого появляются психические нарушения. Так, больной шизофренией, испытывая чувство враждебности по отношению к другим людям, бессознательно переносит это чувство на окружающих и убежден, будто его самого хотят уничтожить, мир полон опасности. Если происходит перенос тревоги на внутренние органы, то возникают телесные нарушения: головная боль, тик, приступы бронхиальной астмы и другие симптомы, в которых находят выражение скрытые и неудовлетворенные желания и конфликты.