Помимо этого, методология однофакторного экспериментирования основана на следующих менее очевидных положениях: а) измерительный инструмент не включается в теорию объекта; б) постулируется константность этого измерительного инструмента (предполагается, что знание "материализуется" в исследовательском инструменте строго однозначным образом, а действие этого инструмента в разных экспериментальных ситуациях остается постоянным).

Методология многофакторного экспериментирования, в отличие от однофакторного, базируется на других предпосылках [Пятницын, Вовк, 1987]:

1. Невозможность выделения каждого свойства или фактора в "чистом" виде, невозможность разделения факторов и их изменения по одному. В сложных системах за счет множественных внутренних взаимодействий изменение одного фактора влечет за собой изменения других факторов – по сетям и кольцам причинно-следственных связей. Пытаясь изменить один фактор, экспериментатор "сдвигает" всю систему. При этом через обратные связи может существенно измениться и тот фактор, которым экспериментатор, казалось бы, строго управляет. Поэтому приходится сравнивать ситуации, отличающиеся не по одному, а сразу по множеству параметров, и классические методы установления причинных связей теряют эффективность.

2. Исследовательский инструмент включается в теорию объекта. Выявляемые свойства объекта рассматриваются не просто как его собственные свойства, а как результат взаимодействия изучаемого объекта с другими объектами, в том числе с исследовательским инструментом. Это верно и в естественных, и в гуманитарных науках. Когда экспериментатор измеряет градусником температуру воды в стакане, то на самом деле он меряет температуру как минимум системы "вода – градусник".

В психологии инструмент вообще очень сильно влияет на результаты. Использование того или иного исследовательского инструмента может привести к появлению факта, процесса или явления, до этого не существовавшего (к появлению артефакта – искусственно созданного и в ряде случаев трудно объяснимого факта). При опросе может быть задан какой-то вопрос, на который опрашиваемый даст ответ. На основании этого ответа будет сделан вывод о том, что этот человек думает или чувствует по определенному поводу. На самом деле он мог никогда до этого не задумываться над этим вопросом и не иметь никакого мнения или ответа. Для него действительность, о которой его спросили, до вопроса вообще не существовала.