Представления о душе как направляющем, нравственном начале жизни человека долгое время "экспериментальной психологией" не принимались. Только в последние десятилетия духовные аспекты жизни человека стали интенсивно обсуждаться в психологии в связи с такими понятиями, как зрелость личности, здоровье личности, личностный рост, а также и многое другое из того, что сейчас обнаруживается и перекликается с этическими следствиями учения о душе античных философов.

В эпоху Средневековья учение о душе полностью отошло во владение религии, которая наложила запрет на попытки научного исследования души человека. Душа объявлялась божественным началом, представляющим собой тайну для смертных, поэтому сущность человека должна постигаться не через разум, а через незнание и веру в догматы.

На протяжении 11 столетий интеллектуального средневековья возникало множество философских школ, которые активно поддерживали богословие, считая естественные науки ограничением божественной власти, стоящей над человеческим разумом. Из других философских учений того времени наиболее известным является схоластическое учение. Своего расцвета оно достигло в XIII веке благодаря Фоме Аквинскому (1228-1274 гг.). Схоласты проповедовали учение, основанное одновременно и на богословии, и на доктрине Аристотеля. Они пытались таким образом объяснить мир с помощью разума, "озаренного верой". Роль ученого они видели в том, чтобы раскрыть упорядоченность и иерархическое устройство созданного Богом мира. Хотя, начиная со второго века до н.э. уже считалось установленным, что душа помещается в мозге, но философы без конца вели умозрительные споры о ее природе и способе влияния на поведение человека.

Дуалистические взгляды в психологии (взгляды о независимости и самостоятельности существования в мире двух начал: материи и духа), также уходящие корнями в доисторические времена, активно развивал французский философ, психолог и математик Рене Декарт (1596-1650).

Он считал, что человек состоит из нематериальной души и материального тела. Главный признак души — наличие сознания, сущностью которого является моральный выбор посредством мышления и воли. У животных нет души, так как у них нет сознания. Декарт считает тело машиной и в объяснении ее работы, т.е. физиологических процессов и простых поведенческих актов, он не находит необходимости привлечения "души разумной", которая наделена сознанием, волей и желаниями. Таким образом, Р. Декарт в области физиологии предвосхитил учение о рефлексах.