Выпускники вспомогательных школ успешно трудились на производстве. Многие сражались с оружием в руках с фашистскими захватчиками. Среди выпускников вспомогательных школ имеются лица, отмеченные наградами за подвиги на фронте и самоотверженный труд в тылу.

Таким образом война показала, что вспомогательная школа справилась со своими задачами по подготовке активных граждан-патриотов нашей Родины.

Война между тем нанесла огромный урон сети вспомогательных школ. В РСФСР эта сеть сократилась вдвое за счет оккупированных территорий. Прекратила свое существование вся сеть вспомогательных школ на оккупированных фашистами территориях Украины и Белоруссии. Помещения были разрушены, имущество разграблено. Некоторые вспомогательные школы удалось эвакуировать в восточные районы РСФСР и республики Средней Азии, что привело к росту контингента учащихся вспомогательных школ на этих территориях. Республиканские Наркомпросы сделали все, чтобы обеспечить нормальную работу пополнившихся за счет эвакуированных вспомогательных школ.

В период войны не прекращалась научно-исследовательская работа в области теории воспитания и обучения умственно отсталых детей. Этому способствовало создание в 1943 году Научно-исследовательского института дефектологии Академии педагогических наук РСФСР на базе Научно-практического института специальных школ и детских домов Наркомпроса РСФСР.