С первых месяцев войны организация и содержание учебно-воспитательного процесса во вспомогательной школе были преобразованы в соответствии с нуждами фронта и тыла. С 1942/43 учебного года в этих школах ввели новые учебные планы. Чтобы ускорить подготовку квалифицированных рабочих из учащихся вспомогательной школы, количество часов на профессионально-трудовое обучение увеличилось на два часа в неделю. Начиная с четвертых классов, сверх учебного плана стали изучаться основы сельского хозяйства (4 часа в неделю).

Школьные мастерские были переключены на выполнение оборонных заказов и изготовление изделий широкого потребления. Учащиеся изготовляли металлические детали для оружия, тару для упаковки оружия, крепления для лыж, шили телогрейки, ватники, шапки, вязали рукавицы и др.

Вспомогательные школы поставляли фронту значительную продукцию.

При многих вспомогательных школах создали подсобные хозяйства, которые в значительной степени, а в некоторых случаях полностью обеспечивали воспитанников овощами. Деятельность подсобных хозяйств специальных школ, детских домов и других учреждений регулировалась специальными приказами Наркомпросов. При этом Наркомпрос указывал на необходимость учитывать при распределении заданий реальные силы и возможности каждого учреждения в отдельности во избежание снижения уровня учебной и воспитательной работы. (Приказ Наркомпроса РСФСР № 92 от 5 февраля 1944 года «Об обеспечении весеннего сева в подсобных хозяйствах педагогических училищ, детских домов, специальных школ и на пришкольных участках».)

В октябре 1942 года Совнарком СССР принял постановление о военно-физической подготовке учащихся массовых школ. Это постановление было распространено и на вспомогательные школы. В III – VI классах этих школ была введена военно-физкультурная подготовка с целью военно-патриотического и физического воспитания учащихся. Учащиеся седьмых классов изучали элементы начальной военной подготовки, которые включали занятия по строевой, огневой и военно-химической подготовке.