Вместе с тем Лакатос ставил перед собой задачу реформирования критического рационализма К. Поппера. Выработанная в связи с этим концепция «утонченного фальсификационизма» получила отражение в работе Лакатоса «Фальсификация и методология научно-исследовательских программ» (СНОСКА: См.: Лакатос И. Фальсификация и методология научно-исследовательских программ. М., 1995). Вся наука понимается автором как гигантская научно-исследовательская программа, подчиняющаяся основному правилу К. Поппера: «Выдвигай гипотезы, имеющие большее эмпирическое содержание, чем у предшествующих». Понятие «метафизический» употребляется Лакатосом как технический термин фальсификационизма: высказывание является метафизическим, если оно не имеет потенциальных фальсификаторов.

Самой успешной из всех когда-либо существовавших программ Лакатос считает теорию тяготения Ньютона и обосновывает это так. На момент возникновения теории Ньютона существовало множество опровергающих ее факторов. Теория тяготения вступила в борьбу с ними и с подтверждающими эти факты теориями. Через определенное время, проявив изобретательность, сторонники теории Ньютона превратили все контрпримеры в примеры, подкрепляющие теорию. Отрицательная эвристика запрещала применять опровержения к жесткому ядру программы.

Необходимо заметить, что главное отличие позиции Поппера и Лакатоса состоит в том, что у Поппера обнаружение противоречия между теорией и эмпирическими фактами ведет к отказу от теорий. У Лакатоса же сохраняется возможность так переформулировать некоторые допущения теории, что данные факты из опровержения становятся их подтверждением либо просто игнорируются. После рассмотрения аномалий о них стараются забыть, надеясь на их превращение в подкрепляющие программу примеры.

Работая в рамках исследовательской программы, нельзя впадать в отчаяние от долгой серии опровержений, а надо дожидаться остроумных (а главное — удачных) гипотез, позволяющих увеличить эмпирическое содержание, и превратить череду поражений в историю громких побед. Поэтому каждый последующий шаг исследовательской программы должен быть направлен на увеличение ее содержания и прогрессивный сдвиг. При этом программа должна и в ретроспективе рассматриваться как дискретно-прогрессивный эмпирический сдвиг.