Функция отслеживания освоения предметных знаний остаётся за учителем-предметником. Отличительная особенность здесь в том, что учитель не может осуществлять фронтальный контроль, так как школьники изучают разные темы. Поэтому контроль освоения предметного содержания осуществляется в индивидуальном порядке. Контроль ведётся как в процессе изучения материала, так и по его завершению. Часть контрольных процедур учитель-предметник может делегировать ассистентам либо знающим ученикам.

В общем плане коллективного учебного занятия, подобно пошаговой работе школьников, прописываются предстоящие действия учителей. Особенно важен такой план ассистенту, чтобы он не был простым наблюдателем за происходящим.

Исходя из конкретных ситуаций школ, на практике действуют разные варианты деятельности учительских коопераций. Так, в Ивановской средней школе Ермаковского района занятия проходят по такому графику: на одной неделе осуществляется погружение в математику, химию, историю, биологию; на другой – в русский язык (литературу), иностранный язык, физику, географию. Остальные предметы изучаются еженедельно. Занятия по предметам, в которые погружаются дети, как правило, проходят лентами (СНОСКА: Лебединцев В. Б., Сорокина Т. А. Разновозрастная организация взаимообучения плюс погружение… // Школьные технологии. 2006. № 3. С. 72-77). Отличающийся вариант в Берёзовской основной школе Ачинского района. Это не расписание уроков в привычном понимании, а набор предметов, которые в тот или иной день изучаются одновременно в течение четырёх часов в разновозрастной учебной группе. На 5-м и 6-м часу проходят индивидуальные занятия, физическая культура, консультации и т.д. В соответствии с этими графиками происходит перераспределение позиций в учительской кооперации.