Начальный этап преобразований — подготовка педагогов малокомплектных школ к работе в разновозрастных учебных группах. Содержанием деятельности на этом этапе становится:

•   осознание руководителями школ и учителями (с их помощью и родителями, учениками, другими субъектами преобразований) проблематики и причин нынешнего состояния малокомплектной школы, понимание идеологических и методологических оснований для построения новой образовательной практики — организационных схем, принципов включённости каждого ученика в коллективный учебный процесс, техники создания школьных команд и т.д.;

•   отказ от фронтальной работы, включение в учебный процесс разных видов и приёмов парного взаимодействия учащихся, сочетание различных организационных форм обучения. Чтобы ученики могли консультировать друг друга, обучать друг друга, проверять, что-то совместно изучать, а учитель в это время мог работать с отдельными школьниками, разным школьникам даётся различный учебный материал из одного раздела.

В ряде школ в качестве первого шага на пути к новой организации занятий найден особый технологический приём: завуч (или директор школы) составляет расписание не по классам, а по отдельным ученикам, отправляет на занятие к одному учителю учеников из разных классов. Учителя планируют работу с каждым учеником и уделяют ребятам внимание по очереди или же по потребности.

В ходе реализации первого этапа проекта (2001—2003 гг.) выделилось около тридцати школ, которые занимаются технологическими вопросами обеспечения индивидуализации обучения в коллективном учебном процессе и готовы перейти на неклассно-урочное обучение.

С октября 2003 г. начался второй этап проекта — разработка и реализация разных моделей малокомплектных сельских школ, организующих учебный процесс на основе разновозрастных учебных групп. Моделей, разных как по ступеням — начального, основного и полного образования, так и по численности — до 30, до 60— 100 учащихся.

Первопроходцами стали Ивановская средняя школа Ермаковского района, Гмирянская Рыбинского, Березовская Ачинского, Щетинкинская и Даурская школы Балахтинского района, Старокопская Каратузского и другие. Под руководством специалистов Красноярского института повышения квалификации учителей школы получают разработки по содержанию, управлению и созданию модели новой школы. В этих и других школах предстоит разработать и освоить механизмы составления и реализации индивидуальных образовательных программ учащихся, способы и средства совместного планирования, рефлексии учебного процесса учителями, содержание, способы и формы учительско-ученического самоуправления в школе неклассно-урочного типа, создать нормативно-правовую базу, закрепляющую новую практику образования, а также электронный журнал, помогающий в рамках нового учебного процесса структурировать содержание учебных программ, планировать и контролировать деятельность учащихся и педагогов.