Коллективный характер занятий требует особой гибкости, вариативности учебных программ, их индивидуализации. При неклассно-урочной организации обучение — коллективное, а программа — индивидуальная. Вместо классов формируются разновозрастные учебные группы как основные организационные единицы учебного процесса. В такой группе каждый ученик с максимальной свободой — в различной последовательности, в разные промежутки времени, с разными своими товарищами, в том числе и разными по возрасту, — продвигается по всей программе предметной области. Учитель в этой ситуации не просто носитель знаний и их ретранслятор, а прежде всего — технолог учебного процесса: он учит ребят учиться и обучать своих сверстников. Учебный процесс обеспечивается не совокупностью узких специалистов — учителей-предметников, а учительской кооперацией — коллективом педагогов, которые совместно проектируют и ведут занятия, распределяя между собой функции и обязанности (учитель — организатор учебного процесса, учитель — специалист по предмету, учитель — ассистент).

Механизм реализации проекта — выращивание специалистов новой образовательной практики в ходе её становления. А поскольку преобразования затрагивают учреждения образования и структуру управления в целом, то такие изменения невозможно осуществить силами индивидуального субъекта. Для создания разномасштабных команд, строящих школу неклассно-урочного типа, проводятся интенсивные семинары с ведущими субъектами преобразований — директорами школ. На этих семинарах анализируется сложившаяся ситуация, разрабатываются программы, директора учатся корректировать деятельность учителей и ребят. Организуются семинары в школах, курсы для подготовки школьных команд и технологов учебного процесса, разработческие мастерские для учителей по структурированию содержания предметов, которые изучаются в разновозрастных группах.

Специалисты Института повышения квалификации выезжают в школы для совместного проектирования и запуска учебного процесса в разновозрастных учебных группах, проведения экспертизы и консультаций.