Особенная часть Уложения содержала нормы о преступлениях религиозных, государственных, против доходов казны, против общественного благоустройства, против жизни, здоровья, свободы, чести, имущества частных лиц и пр.

Особенностью русского уголовного права являлось большое по сравнению с западноевропейскими уголовными кодексами количество статей о религиозных преступлениях. И хотя число их уменьшилось — 25 статей в Уголовном уложении по сравнению с 65 статьями Уложения о наказаниях, это количество оставалось неизмеримо большим по сравнению с тремя статьями в Германском уголовном уложении и с пятью статьями Итальянского уголовного уложения. Самым тяжким религиозным преступлением являлось богохуление. Наказание за него колебалось от ареста до каторжных работ сроком на 15 лет. Закон говорит и о кощунстве по отношению к церковным обрядам, установлениям, священным предметам. К числу религиозных преступлений относилась и принадлежность к изуверским сектам (например, скопцов, хлыстов). Уголовное уложение значительно менее суровыми мерами защищает нехристианские религии. Кощунство по отношению к нехристианским святыням было наказуемо только в случае признания этой религии в России и при совершении кощунственных действий в молитвенном доме во время богослужения.

Наиболее опасным государственным преступлением по Уголовному уложению являлось «посягательство на жизнь, здоровье, свободу и вообще на неприкосновенность» императора, императрицы и наследника престола, а также на ниспровержение императора с престола, лишение его верховной власти или ее ограничение. Это преступление и приготовление к нему карались смертной казнью. К числу опасных государственных преступлений относились посягательство на жизнь членов императорской фамилии, государственная измена, «смута», пропаганда против существующего строя, призывы к совершению противозаконных действий.

В большем числе случаев преступления квалифицировались по статьям Уложения о наказаниях. Это преступления должностные, включавшие в себя превышение власти, присвоение вверенного имущества, неправосудие (в отношении этих составов действовали статьи Уложения 1903 г.), взяточничество, халатность и др. Особые разделы Уложения о наказаниях были посвящены преступлениям против имущественных интересов казны — от фальшивомонетчества до уклонения от уплаты таможенных пошлин, преступлениям против общественного благоустройства и благочиния, включавшим нарушение правил об охране чистоты воздуха и воды, против законов о состояниях. Особое место занимали преступления против жизни, здоровья и чести частных лиц. Уложение различало убийство простое, квалифицированное и привилегированное. К квалифицированному убийству относилось умышленное убийство родителей, мужа, жены, близких боковых родственников, а также убийство работником или учеником хозяина или мастера. За все эти убийства полагалось более суровое наказание, чем за обычное убийство, — бессрочная каторга. К привилегированным видам убийства относились убийства, за которые назначались более мягкие наказания: это убийство матерью при самом рождении внебрачного ребенка, убийство новорожденного урода, убийство на дуэли. Наличие таких видов привилегированных убийств показывало, что законодатель в значительной степени отражал феодальные предрассудки.