Одним из позорных пережитков феодализма в уголовном праве было сохранение телесных наказаний. Закон постепенно сужал круг лиц, к которым они применялись, и основания применения. В 1900 — 1904 гг. были отменены розги для бродяг, плети для ссыльных, телесные наказания в войсках и по приговорам волостных судов. Только Устав о ссыльных и Устав о содержании под стражей сохранили для ссыльнокаторжных и ссыльнопоселенцев такую «меру воздействия», как сечение розгами до 100 ударов.

Ссылка на каторжные работы являлась следующим по тяжести наказанием после смертной казни. С 1906 г. в связи с отменой отбывания каторги на о. Сахалин в пределах европейской части России организуются каторжные тюрьмы.

В 1909 г. был принят закон о досрочном освобождении, которое могло применяться к осужденным к лишению свободы в тюрьме, исправительном доме или исправительном арестантском отделении. Условия и порядок досрочного освобождения были достаточно сложными.

В качестве дополнительного наказания Уголовное уложение знало три вида лишения прав: 1) лишение всех прав состояния, т. е. потеря сословных прав, титулов, чинов и знаков отличия, права поступать на государственную или общественную службу, ограничение имущественных и некоторых других прав; 2) лишение всех особенных прав и преимуществ, как личных, так и по состоянию присвоенных, выражавшееся в запрещении поступать на государственную и общественную службу, записываться в гильдии, выступать свидетелем в гражданском процессе, быть третейским судьей, опекуном, поверенным; 3) лишение некоторых прав и преимуществ зависело от сословной принадлежности лица и выражалось главным образом в лишении избирательных прав в сословные учреждения.

Среди имущественных наказаний были распространены конфискация и штраф. Русский закон знал только специальную конфискацию, т.е. изъятие орудий преступления, вещей, добытых преступным путем. Общая конфискация как мера, направленная прежде всего против семьи преступника, была незнакома европейскому уголовному законодательству, в том числе и русскому.