Рассмотрение уголовных дел Особым присутствием правительствующего сената осуществлялось, как правило, со значительными ограничениями гласности.

В мае 1878 г. последовало расширение подсудности судебных палат, которым предоставлялось вновь право рассматривать дела о государственных преступлениях — средние и мелкие. Для этого были созданы: 1) судебные палаты в обычном составе без участия сословных представителей; 2) судебные палаты в усиленном составе (пять членов суда и три сословных представителя). Наиболее крупные дела оставались за Особым присутствием правительствующего сената, некоторые особо важные дела поручались в особом порядке Верховному уголовному суду, который создавался каждый раз по конкретному делу специальным указом царя.

Реакционные помещики добивались упразднения мировых судов, стремясь вернуть, хотя бы частично, свою власть над крестьянами. Они требовали установления надзора за крестьянским самоуправлением и деятельностью волостных судов. В 1889 г. вступил в силу закон о земских начальниках, по которому мировые суды упразднялись (за исключением Петербурга, Москвы, Одессы).

Военные реформы. Новые веяния обусловили необходимость реорганизации и вооруженных сил. Эта реформа в большой мере связана с именем Д. А. Милютина, ставшего военным министром в 1861 г.

Прежде всего Милютин ввел систему военных округов. В 1864 г. было создано 15 округов, охвативших всю территорию страны, что позволило улучшить призыв и обучение военнослужащих. Во главе округа стоял главный начальник округа, он же командующий войсками. Ему подчинялись все войска и военные учреждения на территории округа. В военном округе имелись окружной штаб, интендантское, артиллерийское, инженерное, военно-медицинское управления, инспектор военных госпиталей. При командующем был Военный совет.

В 1867 г. была проведена военно-судебная реформа, в которой нашли отражение некоторые положения судебных уставов 1864 г. Сложилась трехзвенная система военных судов: полковые, военно-окружные, главный военный суд. Полковые суды имели подсудность примерно такую же, как мировой суд. Наиболее крупные и средней сложности дела рассматривались военно-окружными судами. Высшей апелляционной и надзорной инстанцией был главный военный суд.