Изменилась организация и предварительного следствия. Была учреждена должность судебного следователя, назначаемого министром юстиции. На следователей распространялся принцип несменяемости, хотя его пытались обходить.

Новшеством являлось введение относительно независимой адвокатуры. Особенно велика была роль адвокатов в уголовном процессе. Многие из них смело и результативно выступали на политических судебных процессах.

Важное значение имело введение нотариата, в задачу которого входило удостоверение различных деловых бумаг.

Судебная реформа не упразднила полностью сословные суды. Кроме волостных крестьянских судов продолжали функционировать особые церковные суды. Появились коммерческие суды для рассмотрения споров по торговым и промышленным делам.

В некоторых районах России судебная реформа вообще не проводилась (отдельные губернии Сибири), в некоторых проводилась в урезанном виде (без мировых судов и без окружных судов с присяжными).

Демократические принципы организации и деятельности суда очень скоро пришли в противоречие с царским режимом. Даже судебные палаты с сословными представителями иногда оправдывали подсудимых по политическим делам, как это было, например, в известном деле нечаевцев, где из 78 привлеченных к суду было оправдано 42. Не случайно поэтому в царских кругах все больше развивалось стремление к проведению реакционных контрреформ в сторону отмены независимости суда, несменяемости судей, гласности процесса. Выдвигались требования об упразднении суда присяжных.

Процесс нечаевцев как раз и послужил толчком к началу контрреформ. Подрыв основных положений судебных уставов нашел отражение в законе от 19 мая 1871 г., который предоставил чинам корпуса жандармов большие права на ведение дознания по делам о политических преступлениях. Судебные следователи фактически потеряли право вести следствие по государственным преступлениям. Расследование полностью оказалось в руках жандармерии.

В 1872 г. вступил в действие закон об изменении подсудности по государственным преступлениям. Рассмотрение дел о них доверялось только Особому присутствию правительствующего сената. Оно рассматривало дела в составе первоприсутствующего (председатель) и пяти сенаторов с участием четырех сословных представителей. Члены суда и сословные представители ежегодно назначались указами царя.