В июле 1880 г. последовало упразднение 3-го отделения, а функции политического сыска перешли в Министерство внутренних дел.

В системе МВД создается Главное управление по делам печати, первые шаги которого выразились в запрещении печатных органов революционных демократов.

В 1879 г. в МВД образуется Главное тюремное управление. Прекратили существование смирительные и работные дома, долговые тюрьмы. Создавались крупные тюрьмы с центральным подчинением — так называемые централы (например. Александровский централ вблизи Иркутска). С ликвидацией 3-го отделения политические тюрьмы (Петропавловская крепость и др.) перешли в ведение Главного тюремного управления. Возрастает в это время число каторжных тюрем, главным образом в Сибири. В 1895 г. тюрьмы перешли в ведение Министерства юстиции.

6 августа 1880 г. при МВД создается департамент полиции — важнейшая часть министерства. Руководство им возлагалось на товарища (заместителя) министра. В контакте с ним действовал Отдельный корпус жандармов, который вошел в МВД. Шефом жандармов стал министр внутренних дел.

В составе департамента полиции было семь делопроизводств. Главную роль среди них играло третье делопроизводство, ведавшее политическим сыском и охраной царя. В 1898 г. вместо этого делопроизводства образовался Особый отдел департамента полиции.

В 80-е годы, особенно после убийства Александра II, усилилась роль губернаторов, которые получили право запрещать собрания, закрывать печатные органы. Особые права они имели в местностях, объявленных на положении усиленной охраны. Губернаторы могли арестовывать и высылать из таких мест в административном порядке неблагонадежных лиц.

В 1862 г. была проведена полицейская реформа, которая внесла некоторые изменения в организацию местной полиции. В связи с тем что после освобождения крестьян произошло упразднение вотчинной полиции, потребовалось укрепить уездные полицейские органы. Вместо городских и земских исправников создавались уездные полицейские управления во главе с исправниками. Одновременно усиливалась полиция и в более мелких территориальных единицах — станах. В помощь становому приставу вводилась должность полицейского урядника.