Закономерности экономического развития заставляли самодержавие принимать меры по строительству в стране железных дорог. В 50 — 60-х годах царизм испытывал серьезные затруднения в финансовых средствах для проведения этой работы. Ему приходилось опираться на частный капитал, поощряя деятельность буржуазии по участию в железнодорожном строительстве. В связи с этим в 1865 г. образовалось Министерство путей сообщения, которое и координировало деятельность по строительству железных дорог. В дальнейшем царизм стал вести строительство и за счет государственных средств.

В начале данного периода продолжало функционировать 3-е отделение канцелярии царя. В качестве вспомогательного органа в 1862 г. образовалась Следственная комиссия по делам о распространении революционных воззваний. Материалы этой комиссии послужили основой для организации ряда политических судебных процессов (нечаевцев и других).

В 70-х годах главная задача 3-го отделения состояла в ведении дознаний по делам народников. Необходимо было усилить органы политического сыска, поскольку народники упорно продолжали преследовать царя, готовя его убийство.

Обстановка требовала усиления охраны самодержавного строя. 3-е отделение явно не справлялось со своей основной задачей. В связи с этим возникла необходимость перестройки всей системы организации полицейских органов.

В феврале 1880 г. создается Верховная распорядительная комиссия по охране государственного порядка и общественного спокойствия во главе с генералом Лорис-Меликовым. Он был за твердую диктатуру в борьбе с революционным движением, но считал, что чересчур крутые меры могут повредить царизму. Верховной комиссии временно подчинялись 3-е отделение и корпус жандармов. Комиссия вела расследование по делам о политических преступлениях в Петербурге и окрестностях. Кроме того, она осуществляла надзор за такими делами в целом по стране. Ее главная задача состояла в объединении всех карательных органов для борьбы с революционным движением.