В системе преступлений на первом месте стояли преступления и проступки против религии, государства, порядка управления, должностные преступления.

Уложение предусматривало обширную и сложную систему наказаний. Они подразделялись по разрядам, родам и степеням. Все наказания за преступления и проступки делились на уголовные и исправительные. К уголовным относились: лишение всех прав состояния, соединенное со смертной казнью, каторгой или ссылкой. Исправительными наказаниями считались потеря всех особенных личных и сословных прав и преимуществ, соединенная со ссылкой в Сибирь или другие места, заключение в крепости, в смирительном доме, тюрьме, кратковременный арест и некоторые другие. Сохранялся сословный принцип применения наказаний: все преступники делились на тех, к кому могли применяться телесные наказания, и на тех, к кому они не применялись, предусматривалась такая мера наказания, как лишение сословных прав и привилегий.

Таким образом, Уложение о наказаниях уголовных и исправительных было большим шагом вперед в деле развития уголовного законодательства Российской империи. Однако на нем по-прежнему висел большой груз феодальных принципов и предрассудков.

Параллельно с систематизацией общеимперского права были проведены работы по инкорпорации остзейского права, отражающего привилегированное положение местных дворян, мещан и духовенства. Еще при Александре I задание по систематизации остзейского права было дано Общеимперской кодификационной комиссии, работавшей над ним в течение семи лет. В 1828 г. при II отделении Собственной его императорского величества канцелярии была учреждена комиссия по систематизации остзейского права. По решению Государственного совета были собраны и доставлены в Сенат древние документы со всего края, составившие 23 объемистых пакета. Эти документы на немецком, латинском, польском, шведском, русском (немного) языках были из Сената направлены в указанную комиссию. Результатом работы этой комиссии, вернее, ее члена Гиммельштерна явилось издание в 1845 г. первых двух частей Свода местных узаконении губерний Остзейских (часть первая — Учреждения, часть вторая — Законы о состояниях). Значительно позже была издана третья часть — Законы гражданские.