Планируя создание Уложения, Сперанский отнюдь не собирался колебать устои феодализма. Он просто хотел привести законодательство в соответствие с требованиями жизни. Новеллы в праве должны были, по его замыслу, не подорвать, а закрепить феодальный строй и самодержавие, усовершенствовать его. Но трезво оценивая ситуацию, он понимал, что нужно пойти на определенные уступки, чтобы не потерять всего.

Однако эти идеи Сперанского не нашли поддержки. Работа по систематизации остановилась на втором этапе. Можно лишь отметить как элемент третьего этапа издание в 1845 г. Уложения о наказаниях уголовных и исправительных — первого настоящего российского уголовного кодекса.

Разработка Уложения о наказаниях началась сразу после создания Свода законов и велась первоначально в Министерстве юстиции, а затем во II отделении императорской канцелярии. При разработке проекта был использован том XV Свода законов. Но авторы Уложения не ограничились российским опытом. Они изучили также многочисленные западноевропейские уголовные кодексы, даже проекты некоторых кодексов.

Проект Уложения и объяснительная записка к нему были готовы к 1844 г. Их размножили для предварительного обсуждения. После рассмотрения проекта в Государственном совете он был утвержден императором в августе 1845 г. и введен в действие с 1 мая 1846 г.

Уложение о наказаниях было громадным законом. Оно содержало более 2 тыс. статей, разбитых на 12 разделов, имеющих сложную структуру. Такая громоздкость закона объяснялась тем, что его авторам не удалось преодолеть казуальность, свойственную прежним феодальным уголовным сборникам. Законодатель стремился предусмотреть всевозможные виды преступлений, не полагаясь на обобщающие формулировки. Отчасти это объяснялось низким профессиональным уровнем российских судей, которые не могли бы разобраться в юридических абстракциях и которым нужно было показать состав преступления как можно проще и нагляднее.

Впервые в российском законодательстве Уложение содержало Общую часть, функции которой выполнял первый раздел закона. Уложение делило правонарушения на преступления и проступки, граница между которыми была проведена не слишком четко. В первом разделе говорилось о вине как основании ответственности, о стадиях развития преступной деятельности, о соучастии, обстоятельствах, смягчающих и устраняющих ответственность, и т. д. Военнослужащие не подпадали под действие Уложения о наказаниях. Для них существовал изданный в 1839 г. Военно-уголовный устав, заменивший собой Артикул воинский.