В деятельности Российского государства большое значение имел Посольский приказ, который ведал многообразными внешнеполитическими вопросами. До его возникновения вопросами внешней политики Российского государства занимались многие органы. Отсутствие единого центра посольского дела создавало неудобства. Непосредственное участие Боярской думы во всех внешнеполитических вопросах было нецелесообразным. В этих делах следовало принимать участие ограниченному числу лиц, чтобы избежать разглашения государственной тайны. Царь считал, что все основные вопросы внешней политики (особенно оперативные) должны решаться лично им. Помогать в этом были призваны начальник Посольского приказа и небольшое число приказных.

Основные обязанности Посольского приказа состояли в том, чтобы вести переговоры с представителями иностранных государств. Эту функцию непосредственно выполнял сам начальник приказа. В приказе вырабатывались важнейшие документы, в которых обосновывалась позиция Российского государства по различным внешнеполитическим вопросам. Кроме того, он решал пограничные конфликты, занимался обменом пленных и пр. Появление Посольского приказа оказало влияние на снижение роли Боярской думы в решении вопросов внешней политики. Царь редко с ней советовался по этим вопросам, полагаясь главным образом на мнение Посольского приказа.

Во второй половине XVI в. создается специальное центральное учреждение, ведавшее делами о холопах. До сих пор этим занимались местные органы управления и Казенный приказ, который выполнял одновременно множество других функций. Теперь в связи с развитием кабального холопства возникает потребность в специальном органе. Главная обязанность Холопьего приказа заключалась в регистрации кабальных записей в особых книгах. Кроме того, он рассматривал иски по делам о беглых холопах, для которых существенное значение имела регистрация холопьих грамот в приказе.

Переход к сословно-представительной монархии привел и к существенному изменению местного управления. Система кормления была заменена новой, основанной на принципе самоуправления. В середине XVI в. вместо наместников-кормленщиков были повсеместно введены губные органы. Они выбирались из среды определенных слоев населения. Дворяне и дети боярские выбирали главу губного органа — губного старосту, которого утверждал в должности Разбойный приказ.