Эллис, также как и Бек, считал, что между стимулом и реакцией находится когнитивный компонент — система убеждений человека. Элис выделяет два типа когниций — дескриптивные и оценочные. Дескриптивные (описательные) когниции содержат информацию о реальности, информацию о том, что человек воспринял в окружающем мире (чистая информация о реальности). Оценочные когниции содержат отношение к этой реальности (оценочная информация о реальности). Дескриптивные когниции связаны с оценочными, но связи между ними могут быть различной степени жесткости. Гибкие связи между дескриптивными и оценочными когнициями формируют рациональную систему установок (убеждений), жесткие — иррациональную. У нормально функционирующего индивида имеется рациональная система установок, которую можно определить как систему гибких эмоционально-когнитивных связей. Эта система носит вероятностный характер, выражает скорее пожелание или предпочтение. Рациональной системе установок соответствует умеренная сила эмоций. Хотя иногда они и носят интенсивный характер, однако не захватывают человека надолго и поэтому не блокируют его деятельность и не препятствуют достижению целей. Иррациональные установки — это жесткие связи между дескриптивными и оценочными когнициями, которые носят абсолютистский характер (типа предписаний, требований, обязательного приказа, не имеющего исключений). Иррациональные установки не соответствуют реальности как по силе, так и по качеству этого предписания. Если человек не может реализовать иррациональные установки, то следствием этого являются длительные, не адекватные ситуации эмоции, которые препятствуют нормальному функционированию индивида. С точки зрения Эллиса, эмоциональные расстройства обусловлены именно нарушениями в когнитивной сфере, иррациональными убеждениями или иррациональными установками.

Психотерапия. С точки зрения представителей поведенческого направления здоровье и болезнь являются результатом того, чему человек научился и чему не научился. Неадаптивное поведение и клинические симптомы рассматриваются как результат того, что человек чему-то не научился или научился неправильно, как усвоенная неадаптивная реакция, которая сформировалась в результате неправильного научения. В соответствии с этими представлениями о норме и патологии основная цель клинико-психологических вмешательств в рамках поведенческого подхода заключается в том, чтобы переучить, заменить неадаптивные формы поведения на адаптивные, «правильные», эталонные, нормативные, а задача поведенческой психотерапии как собственно терапевтической системы — в редукции или устранении симптома.