Представители когнитивно-поведенческого подхода фокусируют свое внимание на промежуточных переменных (когнитивных процессах), подчеркивая их роль в развитии нарушений. Так, Бек полагает, что психологические проблемы, эмоциональные реакции и клинические симптомы возникают за счет искажений реальности, основанных на ошибочных предпосылках и обобщениях, между стимулом и реакцией есть когнитивный компонент. Между ситуацией, внешним событием (стимулом — S) и неадаптивным поведением, эмоцией, симптомом (реакция — R) существует сознательная мысль (промежуточная переменная — r-s). При эмоциональных расстройствах причиной длительных эмоций является когнитивный поток, который основан не на реальности, а на субъективной оценке. Каждый человек в определенном смысле ученый-любитель, он наблюдает мир и делает обобщения. Хороший «ученый» осуществляет точные наблюдения, выдвигает адекватные «гипотезы» и делает адекватные обобщения. Плохой «ученый» (а мы все часто именно такими и являемся) осуществляет тенденциозные наблюдения, выдвигает неопределенные «гипотезы» и делает неточные обобщения. Результатом этого являются гипотезы, которые не подвергаются никакой критической проверке и воспринимаются как аксиомы, формируя неправильные представления о мире и самом себе — неадаптивные когниции, или автоматические мысли.

Сам человек может рассматривать их как обоснованные, разумные, хотя другими они могут восприниматься часто как неадекватные. Автоматические мысли содержат большее искажение реальности, чем обычное мышление и, как правило, мало понимаются человеком, также недостаточно оценивается и их воздействие на эмоциональное состояние. Автоматические мысли выполняют регулирующую функцию, но, поскольку сами содержат значительные искажения реальности, то не обеспечивают и адекватную регуляцию поведения, что приводит к дезадаптации.

В рамках этого подхода предпринята попытка выделить наиболее типичные, часто встречающиеся искажения или ошибки мышления. Среди них указывают такие как фильтрование, поляризованность оценок, чрезмерная генерализация или обобщение, паникерство, персонализация, ошибочное восприятие контроля, правота, ошибочные представления о справедливости и др. При этом подчеркивается, что автоматические мысли носят индивидуальный характер, но при этом существуют общие мысли для пациентов с одним и тем же диагнозом, то есть определенные автоматизированные мысли, которые лежат в основе соответствующих расстройств. Автоматические мысли специфичны и дискретны, они являются своего рода стенограммой, представлены в сознании человека в свернутом виде. И задача когнитивной психотерапии состоит в том, чтобы найти и вскрыть искажения мышления и исправить их. Человека можно обучить сосредоточиться на интроспекции и он может определить, как мысль связывает ситуацию, обстоятельства с эмоциональным ответом.