Практика показала, что сегодняшние учебники не удовлетворяют многим условиям новой школы. Требуется, с одной стороны, отобрать предметный материал, на базе которого будут формироваться универсальные способы учебной деятельности, а с другой — внутри содержания предмета выделить всеобщие, особенные, единичные компоненты. Необходим многообразный дидактический материал, соответствующий индивидуальным особенностям освоения программы разными учениками.

Ещё одной проблемой стало противоречие между существующей нормативно-правовой базой и новой практикой деятельности школ разновозрастного обучения. Пока разработаны только проекты необходимых документов: положение о школе разновозрастного обучения, устав, четырёхсторонний договор между сельской (районной) администрацией, ИПК, муниципальным управлением образования и школой. Однако эти документы нуждаются в длительной проверке перед утверждением в краевых законодательных органах. Учёт рабочего времени педагогов и фиксация освоения учениками программы ведётся по «двойной бухгалтерии»: учителя вынуждены заполнять журналы в соответствии с классно-урочными требованиями, а истинное положение дел фиксировать в неофициальных документах. Невозможно адекватно оценить успешность обучения в разновозрастных учебных группах по критериям классно-урочной системы. Деятельность школ разновозрастного обучения нуждается и в отличной от существующей инспекции и экспертизе.

Эти проблемы предстоит решить в ходе совершенствования учебных занятий, с помощью коллективного анализа и рефлексии, нормативно-правового закрепления новой образовательной практики.